Theo tài liệu của Hội Thánh Cao Đài Chơn Lý, đạo Cao Đài chính là Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ đã trải qua đến 2 thời kỳ phổ độ là Nhứt Kỳ Phổ Độ và Nhị Kỳ Phổ Độ. Điều này giống như tất cả các Hội Thánh Cao Đài khác. Nhưng Cao Đài Chơn Lý tin rằng trong Tam Kỳ Phổ Độ có 3 thời kỳ nhỏ nữa gọi là Tam Tiểu Thời Kỳ.

Nhứt Tiểu Thời Kỳ (1926 - 1930)

Là thời kỳ hành Đạo tại Tòa Thánh Tây Ninh, được chính phủ Nam Kỳ lúc bấy giờ công nhận vào năm 1926, có Tổ Đình đầu tiên ngày nay là Tòa Thánh Tây Ninh.

Ngày 21 tháng 08 năm 1926 âm lịch, ông Nguyễn Văn Ca hầu đàn cơ do ông Cao Quỳnh Cư và ông Phạm Công Tắc phò cơ. Sau khi nhập Đạo, ông Ca được tuyên bố là Chơn Thánh, được thăng dần lên chức Thái Phối Sư, về Tòa Thánh Tây Ninh và được giao chức "Khâm Sai Tài chính".

Nhị Tiểu Thời Kỳ (1930 - 1937)

Là thời kỳ cơ bút của đàn cơ Cao Thiên Đàn Kiên Giang hợp cùng đàn cơ Định Tường, thời kỳ này đã độc lập với Hội Thánh Cao Đài Tây Ninh, gọi là Hội Thánh Cao Đài Minh Chơn Lý. Thánh thất Định Tường trở thành Tòa Thánh Trung ương. Ông Nguyễn Văn Ca và ông Nguyễn Hữu Phùng là nhị vị Chưởng Quản Lưỡng Đài.

Hành đạo tại Tây Ninh một thời gian thì xảy ra việc các chức sắc Tòa Thánh chia rẽ. Ông Ca về Mỹ Tho phổ độ và hợp tác cùng các ông Trần Đạo Quang, Nguyễn Hữu Phùng lập Minh Chơn Lý. Từ đó, Thánh thất Định Tường trở nên độc lập, thành lập Hội Thánh Minh Chơn Lý.

Tam Tiểu Thời Kỳ (1938 - 1947)

Là thời kỳ chuyển từ Hội Thánh Cao Đài Minh Chơn Lý thành Hội Thánh Cao Đài Chơn Lý.

Cuối năm 1937, ông Nguyễn Hữu Phùng lúc bây giờ là Thiên Sư, Chưởng Quản Hiệp Thiên Đài già yếu và cũng nản chí tu hành nên bỏ về Tân An, chưởng quản Hiệp Thiên Đài bỏ trống. Giáo sư Ngọc Được Thanh thế danh Lê Văn Được về Tòa Thánh Trung ương, được mọi người đồng thuận là Chưởng Quản Hiệp Thiên Đài mới thay cho ông Phùng và gọi ông với nhiều tên khác nhau như: Ngọc Chơn Long, Đại đức Tam Tôn, Hàng Long La Hán. Hội Thánh Minh Chơn Lý trở thành Hội Thánh Chơn Lý từ năm 1938. Ông Nguyễn Văn Ca và ông Lê Văn Được là nhị vị Chưởng Quản Lưỡng Đài, cùng Hội đồng Thập Ngũ Linh Đăng mà hai ông đứng đầu, lãnh đạo Hội Thánh.

Sau năm 1948

Cao Đài Chơn Lý là một trong những Hội Thánh Cao Đài ủng hộ kháng chiến chống Pháp của chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.

Ông Được quy vị năm 1948. Từ đó Cao Đài Chơn Lý không còn chấp bút nữa. Đến năm 1956, ông Nguyễn Văn Ca cũng quy vị, từ đó trở về sau, Cao Đài Chơn Lý không còn chức Chưởng Quản Cửu Trùng Đài và Chưởng Quản Hiệp Thiên Đài nữa mà chỉ còn chức Quyền Chưởng Quản cho những người nối hậu hai vị Ca và Được.

Năm 1956, Ông Năm là quyền Chưởng Quản Cửu Trùng Đài tách khỏi Tòa Thánh Định Tường về xã Lương Hòa Lạc lập Giáo hội Cao Đài Việt Nam. Hội Thánh Cao Đài Chơn Lý từ đó về sau hoạt động ổn định cho đến khi nhà nước Việt Nam công nhận tư cách pháp nhân và được truyền đạo trên toàn quốc.